Les toutes premières années du XIXème siècle le verront ensuite partir pour Constantinople, chargé d'assurer les systèmes de défense pour les places fortes de Turquie.
En 1810, les travaux du fort de Bard sont placés sous sa direction. Des travaux encore à Venise, Mantoue ou la Rocca d'Anfo. Il participe également à la mission dirigée par le général Sebastiani préposé alors aux travaux d'amélioration des fortifications des Dardanelles.

Dès 1811, Napoléon Bonaparte le nomme à la tête du commandement du génie de l'armée d'Allemagne. C'est à cette même période qu'il met en oeuvre ces premières grandes réalisations, notamment à Dantzig, où il expérimente les fameuses batteries casematées qui garderont à jamais le nom de leur illustre concepteur.

Général de division en 1812, pendant la campagne de Russie à laquelle il participe très activement, il est nommé commandant du génie de la garde impériale en 1813.
En 1813, chargé un temps du gouvernement de Magdebourg, Napoléon en fait ensuite son aide de camp puis commandant en chef du génie de la garde impériale. Membre du Comité des fortifications en 1814, Il reprend ses anciennes fonctions au retour de l'île d'Elbe et sera des grandes batailles de Waterloo en 1815.

A la chute de Napoléon, il est réintégré aux fonctions d'inspecteur général des Fortifications.

Pendant cette période, il parviendra, non sans opposition ou de discussions interminables comme pour Fort l'Ecluse, à reconstruire selon les conditions de l'époque et de l'expérience qu'il avait lui-même gardé de ces batailles sur le terrain, les vieilles forteresses de Vauban et de Cormontaigne malmenées par les invasions de 1814 et de 1815. Il s'emploie alors à modifier et améliorer les fortifications frontalières: Grenoble, Besançon, Dunkerque, Saint-Omer, Sedan, Fort l'Ecluse et plus d'une soixantaine de forteresses dont Belfort.

Ayant croisé les nouvelles pratiques de l’artillerie il réalisa un nouveau type de batteries casematées qui portent son nom : les casemates Haxo. Les maçonneries, de forte constitution, sont recouvertes d'imposantes masses de terre, ouvertes pour ventilation à l’arrière, qui absorbent ainsi le choc des impacts de projectile, forment une sorte de coquille protectrice et empêche la chambre forte en maçonnerie de se disloquer. Elles ont été conçues par le général Haxo en réponse à la nécessité de préserver les tirs d'artillerie défensifs dans les étapes finales d'un siège. Protégées des armes placés au devant du bastion contre le tir vertical, direct et de ricochet, ces batteries permettent le service efficace et rapide des pièces d'artillerie lors de tirs de défense cadencés.

Quelque peu oublié aujourd'hui, notamment parceque l'on ne peut pas parler de "système Haxo" comme pour Vauban ou Séré de Rivières. il reste cependant considéré comme le premier ingénieur en Europe de ce premier tiers du 19ième siècle.

Sa carrière est des plus intéressantes du fait des pays où il agit et des solutions apportées . Son image reste également marquée par le siège tactique et astucieux qu'il a mené de main de maître sur la citadelle d'Anvers; forteresse impressionante réduite à la reddition après un siège d'un peu plus de trois semaines, le 23 décembre 1832.

Ses dernières années furent consacrées à l'apport d'expertise et de recommandations pour les fortifications de Paris ou encore de Lyon. Si il dirige les premiers travaux , l'ensemble des restructurations ne sera achevé qu'après sa mort, synthétisées et augmentées de nombreuses autres contributions d'ingénieurs, par la deuxième grande figure de la fortification après Vauban : Séré de Rivières.

Le général Haxo meurt à Paris en juin 1838, après une vingtaine d'années de campagnes militaires, quatre-vingt-dix-neuf batailles et une empreinte laissée à jamais sur le visage de la fortification française et européenne.